Cuando a la tripulación de la nave Enterprise le ordenan que regrese a casa, en la Tierra se enfrentan a una terrorífica fuerza que, aparentemente desde dentro, ha perpetrado un ataque a la cúpula de la Federación y todo lo que ésta representa, sumiendo a la flota en una profunda crisis. Para intentar solucionar el problema, y con un asunto personal que resolver, el capitán Kirk encabeza una incursión a un planeta en guerra para capturar a un hombre que es un arma de destrucción masiva. A medida que nuestros héroes se van sumergiendo en una épica partida de ajedrez a vida o muerte, la lealtad se verá puesta a prueba, las amistades se romperán, y habrá que hacer ciertos sacrificios por la única familia que le queda a Kirk: su tripulación.
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